パイラタウンの地下に建造された大規模な地下街。ジャンク屋、アンテナのある家、地下鉄駅など複数のエリアが存在する。このエリアではスレッドをはじめとした子どもネットワークの有志たちがシャドーに対して抵抗活動を続けている。
ヴィーナスとの重要な戦闘が行われ、スイクンのスナッチが可能。その後、地下鉄を使ってテレビスタジオへアクセスするための重要なキーアイテムを手に入れることができる。
アンダーに存在する主な施設と利用可能なサービスをまとめた一覧。各施設では異なるアイテムやサービスが提供されている。
アンダーで入手可能な主なアイテムとその場所をまとめた一覧。ストーリー進行に必要なキーアイテムが多数存在する。
アンダーで戦闘を挑んでくるシャドーのメンバーたち。全6人のダークポケモントレーナーと、彼らが率いるポケモンの情報を掲載。
シャドー戦闘員（初対戦時）
シャドー幹部（初対戦時）
ハンター（初対戦時）
チェイサー（初対戦時）
肉体派（初対戦時）
ライダー（初対戦時）
シャドー幹部ヴィーナスは「メロメロ」攻撃を多用する強敵。特に以下の点に注意すること：
うまくスイクンをスナッチできればそのあとの展開がかなり楽になる。以下のポイントを意識して挑戦すること：
アンダーの漢方屋ではポケモンを強化できるアイテムが販売されているが、重要な注意点がある：
A: 基本的には初対面の時点でしかスナッチチャンスがないため、失敗した場合は非常に残念です。ただし、セーブ＆ロードを活用して何度でもチャレンジすることはできます。失敗した場合はセーブをリロードして再度ヴィーナス戦に挑むという方法もあります。
A: パイラのビルにあるエレベータを使って行き来できます。正規ルートはこれが基本です。その後、パイラコロシアムの受付横にある小さなエレベーターを使用することで、裏口からの出入りが可能になり、ワールドマップからの直接アクセスも可能になります。
A: メロメロは異性のポケモンに対してのみ効果を持ちます。そのため、性別が同じのポケモンを使用する、または性別不明のポケモンを活用するのが有効です。例えば、しんかしきポケモンなど、性別がないポケモンを準備しておくと非常に有利になります。
A: シナリオを進めてテレビスタジオでヴィーナスを倒した後、再びアンダーに戻るとアンダーコロシアムが利用可能になります。その際、「U-ディスク」を使ってUFOに乗ると、風車小屋の上部にアクセスできるようになり、さらに先へ進むことができます。
A: アンダーのショップに在庫がない場合は、他の町のショップを確認してみてください。ポケモンコロシアムでは複数の町にショップがあり、わざマシンの品揃えが異なります。また、トレーナー戦での報酬やイベントでも入手できる可能性があります。